Si estamos importando una Base de datos o ejecutando una consulta bastante extensa, ya sea a través de PhpMyAdmin o MySQLWorkbench, es posible que nos aparezca este error: MySQL server has gone away. Esto normalmente es por la longitud de textos o columnas.
Como solventaremos este error, pues tendremos que buscar nuestro archivo my.ini o my.cnf (dependiendo de la instalación y del servidor) y aplicar la variable que vemos a continuación.
max_allowed_packet=64
Si con esto no es suficiente ampliaremos los megas de esta forma:
max_allowed_packet=64*1024*1024
Estas variables deberán de ir después de la etiqueta [mysql]
Referencia aquí